Алексей, она ни в коем случае сама это не делает. Только по велению пользователя, если ты нажимаешь при выходе "сохранить изменения", прописывая их в RAWы. А надо выбрать пакетную обработку и сохранить все файлы с учетом внесенных исправлений в виде TIF или RAW в другом месте.
Полагаю, можно в настройках выставить, чтобы исходники при сохранении не затирались, а дублировались.